Centralnym punktem w terapii MAES jest mózg pacjenta wraz z jego uszkodzonymi obszarami. Terapia ta podkreśla, że ciało pacjenta z MPD jest zdrowe (typowe kości i mięśnie, unerwienie obwodowe), to "produkowany" ruch jest atypowy. Przyczyną tego jest wyłączenie określonego obszaru w mózgu i brak funkcji i umiejętności, za które dana część mózgu odpowiada. Efekty uszkodzenia mogą być różne: zaburzenia ruchu, sensoryki i zmieniają się zależnie od wieku, pozycji ciała, emocji, zadania przed którymi pacjent staje.

Mózg, który uległ uszkodzeniu, wytwarza nowe wzorce ruchowe. Zwykle jest to jeden wzorzec wykorzystywany później niezależnie od sytuacji, w której się pacjent znajdzie. Każda strategia ruchu składa się z ruchów zamierzonych i niezamierzonych. Na przykład w przypadku dziecka siedzącego przed zabawką, wyciągnięcie ręki po zabawkę jest ruchem zamierzonym, podczas gdy praca całego tułowia, przeciwległej nogi, głowy, wzroku są ruchami niezamierzonymi. Uszkodzony mózg potrafi "stworzyć" nowe wzorce ruchu zamierzonego (często z pomocą terapeuty) i później wykorzystywać ten wzorzec zawsze niezależnie od zmieniającego się kontekstu. Obranie jednej powtarzalnej strategii, nieuwzględniającej zmiany wspomnianego kontekstu może skutkować przykurczami, czy zaburzeniami postawy (ruchy niezamierzone).

Metoda ma za zadanie łamanie stereotypów ruchowych, poprzez zaskakiwanie dziecka, wyprzedzanie jego ruchów, zmianę ich tak, aby nie były przewidywalne dla dziecka i nie zdążyło ono wejść w swój wypracowany schemat. Rolą terapeuty zaś jest motywowanie pacjenta do poszukiwania nowych strategii, wspierania ciała, myślenia i emocji podczas tego procesu.

W terapii MAES bardzo ważne jest uwzględnienie możliwości poznawczych mózgu, pracy z zachowaniem i sensorycznymi zaburzeniami. A sukces ruchu nie wynika ze wzmocnienia wybranej grupy mięśni. Efektem terapii jest postawa ciała, która podlega adaptacji przez mózg w zależności od kontekstu sytuacji przed i po zadaniu.